Optimasi suhu annealing untuk amplifikasi gen coi ikan ekstrimofil menggunakan real-time pcr optimization of annealing temperature for coi gene amplification on extrimophil fish using real-time pcr

Dr. Ardiansyah Kurniawan, S.Pi., M.P., - and Tiara P Anjani, - and Eva Lestari, - and Merin S, - and Muhamad Ichsan, - and Rina Apriyani, - and Alya M Safitri, - and Intan PNIK Almagribi, - and Ahmad Fahrul Syarif, - and Andri Kurniawan, - (2022) Optimasi suhu annealing untuk amplifikasi gen coi ikan ekstrimofil menggunakan real-time pcr optimization of annealing temperature for coi gene amplification on extrimophil fish using real-time pcr. Journal Of Aquatropica Asia, 7 (2). pp. 57-62. ISSN 2721-7574

	Text (HASIL UJI SIMILARITY) Cek plagiasi JoAA 7.2.pdf Download (2MB)
	Text (HASIL PENILAIAN PEER REVIEWER) Peer Review.pdf Download (307kB)
	Text (SINTA) Sinta Ardiansyah JoAA 7.2.pdf Download (61kB)

Abstract

Ikan-ikan ekstremofil memerlukan karakterisasi genetik untuk mengetahui identitas spesiesnya, kekerabatannya, dan potensi variasi genetiknya akibat adaptasi lingkungan ekstrem. Barcoding DNA nenggunakan primer Fish-F2 dan Fish-R2 pada suhu annealing pada 52oC selama 15 detik menunjukkan hasil kegagalan secara kualitatif pada sebagian besar spesies ikan. Untuk itu diperlukan optimasi suhu annealing pada proses PCR untuk mendapatkan pita DNA yang berkorelasi dengan keberhasilan identifikasi. Sampel ikan diperoleh dari Ruai Silip, Pulau Bangka, Membalong, Pulau Belitung dan Way Kanan, Lampung, Pulau Sumatra. Optimasi suhu annealing diatur pada 50, 50.4, 51.1, 52.3, 53.7, 54.8, 55.5, dan 56C. Terdapat lima spesies ikan ekstremofil yang diuji yaitu Brevibora sp, Barbodes binotatus, Rasbora bankanensis, Anabas testudineus, dan Aplocheilus panchax. Ikan ekstremofil menunjukkan perbedaan kemunculan pita DNA pada PCR dengan suhu annealing berbeda. Brevibora sp menunjukkan visualisasi pita DNA pada 54.8C, Barbodes binotatus pada suhu 53.7, 54.8, 55.5, dan 56C, Anabas testudineus pada suhu 50 dan 50.4C, dan Aplocheilus panchax menghasilkan pita yang terlihat jelas pada semua suhu annealing.

Actions (login required)

View Item